Conclusion
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Voici donc typiquement l'arborescence des fichiers d'un projet::

    mon_projet/
        setup.py
        README.rst
        my_package/
            __init__.py
            pkg1/
                __init__.py
                test/
                    __init__.py
                    test_pkg1.py
            mod1.py
            test/
                __init__.py
                test_mod1.py
        doc/
            index.rst
            conf.py
            .....
        exemple/
            exemple1.py
        autre_chose/

Il est important de garder les répertoire my_package et doc aussi propre que possible. On mettre les exemples en dehors de my_package. Les autres choses (notes personnelles, tests temporaires, ...) seront mis dans d'autres répertoires afin de ne laisser que le setup.py et le README dans le répertoire principal.